La division linguistique fournit aux étudiants une base solide en linguistique théorique et appliquée. Le programme de chaque élève est élaboré par chaque élève et ses superviseurs.

Les programmes de maîtrise en linguistique offrent soit une piste de thèse (recherche) soit une piste sans thèse (générale). Il s'agit de programmes de deux ans. Exposer les étudiants aux sujets de recherche actuels dans le domaine et engager les étudiants dans le discours académique, les méthodologies de recherche et le raisonnement critique

Le département de littérature anglaise et de linguistique de Bar-Ilan University propose un programme de maîtrise unique en linguistique en recherche clinique, destiné aux étudiants exceptionnels titulaires d'un BA en troubles de la communication, en psychologie, en sciences du cerveau, en éducation spécialisée ou dans un domaine similaire, qui sont intéressés à obtenir une compréhension plus profonde de la base linguistique de leur domaine.

Les étudiants qui terminent avec succès ce programme peuvent s'inscrire à l'Université internationale de Catalogne (Barcelone, Espagne) et obtenir une maîtrise ès arts en philologie ancienne de cette institution une fois qu'ils ont rempli ses conditions.